Влияние общего количества некачественных страниц на ИКС и ранжирование

 На ИКС вряд ли, т.к. ИКС зависит от траффика в основном.
 На позиции очень похоже, что некачественные страницы влияют.

их удялять не хотелось бы но если закрыть от индексации, поисковики воспримут ли это положительно на равне с удалением?

Как показали опыты - незначительно в пределах погрешностей

Удалять не желательно. Тот же Яндекс не всегда адекватно воспринимает массовые удаления и даже присылает критическую проблему в вэбмастер.

 Лучше так. 

Могут. Вопрос только в том, какие факторы на данный конкретный момент времени перевешивают.

Если сайт активно развивается, то некоторая доля некачественных никакой роли не сыграет.

Если же сайт заброшен, активные работы прекратились, трафик падает, а вместе с ним из индекса начинают вываливаться страницы по МПК, то это станет дополнительным понижающим фактором.

я тут давно не был - с марта прошлого года. вспомнились комменты - активно работали работали,  а сайт не выходит в топ. и противоположнын - ничего не делал и сайт в топе оказался.

Работать по разному можно. Можно в том числе и впустую. 

C противоположным результатом тоже бывает удачное стечение обстоятельств. А бывает и сопутствующие процессы, которые происходят извне (например, активная PR реклама, развитие бренда может формировать устойчивый трафик, высокий УТП - хорошие конверсии и как следствие рост поисковой видимости). 

Есть на сайте много страниц, который сейчас не посещаются - это к качеству, никак не относится
Так, чем они некачественные?

Яндекс их переводит в некачественные или малопосещаемые. Просто есть конкурент у которого страниц таких меньше. Это к вопросу из-за чего у него икс вырос на 50%. Скорее всего не из-за этого. 

Да, падает трафик - растёт кол-во случаев деиндекса по МПК.

Тут логика вполне конкретная - Яндексу не нужны в индексе долго непосещаемые страницы.