Прогнали хрумером и упали позиции, что делать?

сайт был еще под ддосом где то 5 часов в день несколько дней подряд 

вот главная причина.

отправляйте страницы на переобход.

Из них хорошо если 10 проиндексировались) Ладно бы 200к поставил, да и то ничего бы не упало, проверено уже не единожды.

тогда точно хрумер навредил))

Удаление "его" темы (хотя как вы это намерены сделать?) - точно ничего не поменяет.

Реальная причина вот в чём:

И эти события могут быть вообще никак не связаны.

p.s. Но заниматься спамом с помощью Xrumer-а я не рекомендую, лучше озадачится вопросом как приобрести качественные ссылки.

Почему?

Апорт забанил

Потому что спам по открытым источникам создаёт лишь мусор, который просто со временем удаляется.

Оно имеет смысл для развития всяких PBN сеток, но для коммерческого интернет проекта лучше данный вариант не использовать.