Запрос со словом "скачать"

Вот и причина - в CTR целевых действий.

Как и обычная транзакция в привязке к рабочему действию.

Повышайте CRO.  

Дело в том, что скачиваний стало меньше. т.к. софт стал платным.

Я смогу поднять позиции по этому запросу, если я, например, добавлю на страницу файлы с презентацией программы или руководством по ней - их начнут качать и возрастёт общее количество скачиваний. Эти файлы формата PDF и ZIP. Или должен быть именно .exe файл?

Яндекс берёт скачивания по Метрике для ранжирования? Как он их считает?

Кто вам сказал, что яндекс считает кол-во скачиваний?) Считается огромное количество факторов. У яндекса по большей части это ПФ. Человек нашёл у вас программу, скачивает её. Начал устанавливать и при этом всё время может быть на вашем сайте с открытой вкладкой. Если программа установилась и работает, то человек закроет поиск и всё. Больше искать данную программу не будет, значит для поисковика знак, что вы решили запрос пользователя. Ну это прям так, максимально простое объяснение +-. А так ещё есть много факторов.

Целевое действие на странице идет в плюс, далее цель максимально удерживать пользователей на сайте и естественно  Last Click является очень важным для системы, так поисковик понимает, что страница решает интент пользователя. 

А если Метрика в отчёте по загрузкам не видит эти скачивания?

Это связано с технологией скачивания файла на сайте - каждый загруженный инсталлятор подписываем отдельным номером, поэтому прямой ссылки на скачивание нет и Метрика в отчёт эти загрузки не включает. Так было всегда. Позиции не падали, но затем стали падать.