В чем защита пользователя, входящего в sudo от root в плане безопасности?

Я с вами согласен

В том, что root остаётся со своим паролем и правами.

Нет, у рута свой пароль.

Я понимаю, что это разные пользователи, но получив доступ хакер по сути становиться рутом и это уже не важно, что у рута свой пароль/свои настройки — это можно все поменять через sudo, пользователем, который имеет привилегии sudo и был скомпрометирован или похищен его пароль. Как sudo защищает от выполнения команд суперпользователя, когда я соединяюсь с сервером через ssh я через sudo могу выполнять любые действия что и root, обновлять, удалять, делать все что угодно, так и хакер, зная мой пароль и подключившись к серверу может делать все что угодно как и root, так как это защищает и от чего это может защитить?

Нет. Рут остаётся рутом, и никакой судоер не может им стать, в том числе не может поменять его пароль. Тем самым предотвращается полный захват системы. В этом и состоит смысл делегирования прав.

sudo su и мы root

В убунте сделано по принципу "кто первый встал, того и тапки". Там же сделать" хоп и у вас рут" может не кто угодно, а конкретный пользователь, обладающий всеми правами, но имя которого, в отличие от рута, не известно каждой собаке из подворотни. И после того, как установлен пароль рута, уже рут становится полноценным хозяином. Но это уже дело вкуса - активировать рута или продолжать работать от суперпользователя, созданного при установке системы.