Ключи с низкой частотностью - вы удаляете или оставляете?

Я бы не советовал, в том числе - и для гугла. Авторитетность эффективных посадок для того же Гугла может держаться на поддержке тонны вспомогательных узлов графа, а вы их собираетесь пустить под нож.
Да, все эти новые алго начинали с того, что непосещаемые страницы объявляли "мусором". Но это было 1-3 года назад. Это прошло.
Посмотрите в закрома индекса в той же Search Console. Уверен, там найдутся легионы зомби-страниц, которых давно нет (а то и не было) на вашем сайте. Вот это может быть проблемой, поскольку ни Гугл, ни Яндекс сейчас не способны в полной мере работать с обработкой просканированных данных.

Если страницы просто веером из корня или категории, то сгруппируйте. Делайте маленькие кластеры.

Удалять не стоит.