Ссылки на категории с главной

"Вес" роли не играет. Смотрите на текстовую релевантность, от неё и коммерческая зависит.
Просто если вы на странице "магазин бухла" показываете только водку и пиво, а конкуренты - всё то же, но ещё и вино, коньяк, текилу и какое-нибудь сакэ - вы их не обойдёте. Яндекс ваш ассортимент оценивает на базе текстового анализа, алгоритмически. 
Понятно, что исходить надо не из своей логики, а из данных текстовых анализаторов по топу. Ну, и о коммерческой составляющей не забывать - актуальные акции, акцент на сезонных товарах и т.п.
Про роль какого-то ссылочного внутреннего веса в этом вопросе я бы парился в последнюю очередь.
Ну, а кардинально менять ссылки категорий на главной - как по мне дурная идея. "Морда" - это "морда", её уважать надобно.

Категории не трогайте. Выше уже сказали.

Предложите клиенту выводить ссылки на сезонные товары отдельным блоком. Там можете менять эти ссылки.

Где-нибудь вверху слева (например).