Массово изменить владельца

запустить screen  (чтобы не отвалилось когда отключитесь от сервера) и через команду find начать обработку, типа:

find . -type f -exec chown и т.п.  {} \;  для файлов

или

find . -type f -exec chown и т.п.  {} \;  для папок

работать будет долго, зато без вашего участия. ionice тоже можно добавить перед find чтоб диск не тормозил. 
Если терпения не хватает и хочется скорее посмотреть на результаты, можно ограничить обрабатываемые файлы путём задания маски. Добавить к примеру так

find . -type f   -name *.php -exec chown и т.п.  {} \; чтоб сначала обработать только пхп файлы.