В итоге решил, что движок накрылся после того, как снял рекламный блок в шапке сайта, обновил header полностью, но проблема всё равно осталась. Далее попробовал отключить все плагины, проблема 404 осталась так же на месте, пустые рубрики - постов не видно. После, решил сравнить настройки в плагине клирфлай про с основным сайтом, которого это не коснулось у меня. Не заметил никакой разницы. Но потом было решено поманипулировать настройками. В итоге проблема выяснилась. После обновления Йоаст, в некоторых шабах, плагин отображается обычной настройкой  (Картинка 1) в цепочке навигации и с доп.настройкой (Картинка 2). Чтобы убрать эту ошибку с выводом постов в плагине, выбираете в настройках йоаста, как я показал в картинке 1: Записи - рубрики, во втором случае, как на картинке 2, выбираете либо показать главную, либо скрыть. Почему именно таким образом? Потому, что выявлено 3 причины того, как работает йоаст после обновления:

• Настройка йоаст зависит от структуры шаблона
• Под каждый шаблон своя настройка
• После каждого обновления йоаст - сразу проверяйте рубрики на отображение постов

Картинка 1