Долгое ожидание первой страницы (не только главной)

Сделаю предположение, что у вас неверно настроена конфигурация prefork модуля, в частности - серьезно ограничено количество стартовых серверов апача и количество их дочерних процессов, которое, в свою очередь, не соответствует памяти, выделенной сервером.

Грубо говоря, например, если разрешено иметь 10 инстансов апача, то когда вы упираетесь в это значение на сервере, то остальные входящие юзеры ждут, пока предыдущие юзеры отключатся. Уменьшая keepalive вы принудительно быстрее завершаете висящих юзеров и ваш коннект получает свободное окошко в виде разрешенного инстанса апача.

Увеличивая этот параметр - вы окончательно забиваете ресурс висящими сессиями юзеров, даже когда они уже ушли, происходят отвалы по таймауту для новых и сбросы новых входящих, потому что сервер еще ждет с открытым соединением тех, кто уже ушел.

В таком случае - простое решение: проверить настройку prefork, увеличить количество стартовых серверов и разрешить большее количество запущенных инстансов апача. Если же количество допустимых инстансов уже на пределе свободной памяти сервера - поднимать оперативку сервера и поднимать разрешенное количество инстансов.

ЗЫ: перечитал тему, Евгений выше все тоже самое и сказал. Копайте в эту сторону, раз изменение keepalive так существенно влияет на работу сайта.

Всем добрый день. 

Так выглядит top днём при:

KeepAliveTimeout 20

<IfModule mpm_prefork_module>

StartServers          100

MinSpareServers       100

MaxSpareServers      200

MaxClients          256

MaxRequestsPerChild   0

</IfModule>

Это параметры подобранные опытным путём для прежнего быстродействия при  KeepAliveTimeout 20

KeepAliveTimeout 3 выручил при:

<IfModule mpm_prefork_module>

StartServers          5

MinSpareServers       5

MaxSpareServers      10

MaxClients          150

MaxRequestsPerChild   0

</IfModule>

На VPS 6 ядер. При нынешних параметрах выросло количество тасков, но визуально на производительность не повлияло, посмотрю как это оценят роботы гугла.

Изначально ОС ставилась давно на сервер с 1 ядром и 512 мб оперативы, далее ядра и оператива наращивались без внесения изменений в конфиг апача.

Все базы на myisam-таблицах. Они выбраны ради быстрых SELECT в сравнении с InnoDB. На них нежелательно выделять более 25% памяти сервера, так как в ней только ключи, данные файловая система ОС кеширует сама. Та память что под них отдана используеться на 70%. Соотношение чтения ключей с запросами на чтение хорошее, тут всё норм. Запросы летают.

Есть скрипты работающие с файловой системой сервера и требующие много времени, их лучше запускать под рутом с большими правами, чем те что работают на юзера.

Смотрите журналы Apache. Желательно по ключевому слову "reached".

И что за сайт? Какая CMS? Что в apache status показывает? Настройки апатча тут вообще последнее, что надо смотреть.

Лет 7 назад, да я бы поверил. На дворе 2021 год, хватит в сказки верить.

Если сервер mysql (mariadb) старый то это и правда так. Что мешает свежую версию поставить это другой вопрос.

Это из области, а бы кабы, да если. ТС про другое говорит, явно не про версии.

И ладно речь не про базу, там что-то другое. Я бы начал с тестирования статичных файлов и всякого phpinfo(); как оно открывается при многократном тестировании, есть ли зависания. 

Если ТС уверен, что дело не во внешних скриптах, то первым делом нужно смотреть в сторону SQL. Не сложно же посмотреть какой запрос тормозит и дальше разматывать рекурсивно)