Что должно быть на основном домене при кучи поддоменов?

Это всё скриптом уже давно делается. На каждом новом поддомене скрипт автоматом вставляет в метатэгах / H1 / H2 и т.д., по тексту название нужного города.

Единственное эта формула устаревшая. В выдачи сейчас на первых позициях сайты с поддоменами городов - у которых перелопачен полностью контент с названием города и разными плюшками в виде спецпредложения - выше таких конкурентов Ваш сайт никогда не будет в ТОПе.

Я бы добавил, что чем больше местных топонимов и специфики - тем страничка релевантнее. Карты, упоминания улиц или районов, отзывы от местных клиентов и т.п.