DOS-атака

Угу. И вместе с бэкапами перенести туда всю заразу, чтобы вообще потом концов не сыскать. Нужно по возможности создавать сайт заново, с минимальным использованием файлов взломанного сайта, тщательно проверяя их, если в них всё же возникнет необходимость. И сразу предпринимать превентивные меры против взлома.

Ну так себе вариант, так как как вы себе представляете "по возможности создавать сайт заново"? Там же может быть полным полно контента: вручную заново статейки, картинки добавлять?  А комменты, а топики форумов? Так что этот совет пригоден только для самых простых сайтов. Вручную воссоздавать сайт - это такое себе занятие.

Поэтому всегда клиентов уведомляем о том, что намного лучше заранее обезопаситься от проблем путём хотя бы элементарного своевременного обновления версий движков и их компонентов, чем потом заниматься восстановлением данных.

Ну я же не зря написал "по возможности". Перечисленное Вами хранится в базе данных, а большинство шеллов заливается в файловую систему. Эксплуатировать шеллы  в базе данных можно лишь в друпале с небезопасной настройкой, модэксе и некоторых других немногочисленных CMS. В большинстве случаев можно заново установить сайт и импортировать старую базу данных. Но это только если умудрились перезалить сайт из свежего бэкапа, вместо того, чтобы его почистить.

Вариант № 1. Изучить мат. часть.

Вариант № 2. Нанять за деньги специалиста.

А потом уже называться, как душе угодно - хоть блогером, хоть павлином с куриной [жп]опой...

Да вот второй пункт лучше сделать, спец и изучит.

Клоунд не о чем, отсечь можно правилами иптаблеса, не все, но большую её часть

Это как, какими правилами?