Могут ли быть санкции от поисковиков, если на сайте частично меняется контент в зависимости от устройств, с которых был вход

Санкций не будет - но предлагайте сразу

Все сразу. В том числе, если пользователь зашел с компа, он будет видеть, что у вас есть приложение и для его телефона. Что, собственно, хорошо. Посмотрит и пойдет скачает уже на телефон, если ему это интересно.