Проблема с местом на диске

Проблему решил.  Может кому-то пригодится. В общем видимо нужно было удалить что-то более значительное, чтобы больше места освободилось и тогда уже сервер показал что действительно место освободилось. Удалил пару бэкапов и тогда сразу всё обновилось. Сейчас уменьшаю изображения, чтобы в дальнейшем и бэкапы весили меньше и на сервере в общем места побольше было.

Всё верно вы поняли - такое происходит когда вы удалили файл, который пишется софтом или системой. Он будет отображать что вроде как есть свободные байты, но по факту эти блоки в статусе busy, пока вы не перезапустите какой-нибудь сервис.  Чаще всего при занятом месте чистят логи, а логи как раз из разряда тех файлов, которые "не отпускает" пока не перезапустишь софт, который их пишет. Чтобы чистить большие логи и сразу высвобождалось место без перезапуска софта  нужно делать примерно  такое:

cat /dev/null > /var/log/apache/site.big-access.log

В таком случае у вас место освободится сразу же, даже если это файлы используемые софтом.

А еще, для аудита диска на предмет занятости хламом и большими файлами  рекомендую замечательную утилитку ncdu ;)