Склейка или...?

Во первых, это невозможно, Полное разделение поддоменов от основного домена действует только для бесплатных служб подобных narod.ru и livejournal.com, рассматривается этот вопрос коллективом яндекса. И собственно что тут исправлять ? На каждом субдомене у вас разная тематика контента, которая служит привлечению целевого посетителя. Яндекс будет показывать наиболее ревалентную страницу по словосочетанию либо слову в выдаче по всем вашим субдоменам. Тем более перед вами открываются большие возможности продвижения каждого поддомена по определённому словосочетанию, например для steklo.tkrkt.ru - обработка стекла, torg.tkrkt.ru - торговое оборудование, это гораздо проще чем продвигать каталоги домена по уникальным словосочетаниям.

а поддомены, елси они не каждый по отдельности в Я-каталоге - определяются как внутренние страницы главного сайта и домена

Поддомены всегда будут в "Еще с сайта", если, конечно, их не возьмут в яка.

(

Да и не ответят. Ситуация не стоит рассмотрения Платоном, так как это(топик) не глюк, а особенность работы ПС.

Такая выдача началась с конца прошлого года. Раньше Яндекс поддомены показывал отдельно (за исключением зарегистрированных хостингов). Так что это не глюк.

Логическое завершение отношения Яндекса к поддоменам одного сайта. В выдаче и раньше была только одна страница из совокупности домена и его поддоменов.