Переходы по запросу "Яндекс.ру"

что-то похожее и у меня, только ключи-яндекс,гугл,ютуб и.т.д..Именно ЛиСтатистика показывает такие/подобные  ключи,а в ЯМетрике нет.

А зачем вы liveinternet используете, он же никаких метрик для аналитики толком не предоставляет. И это не переходы по ключу "яндекс.ру", а просто Яндекс скрывает ключи по которым переходят на сайт, точно также делает и Google. Хотите видить ключи нормально, ставьте Метрику и Analytics на сайт.