Канонический адрес не указан

У вас не указан канонический адрес

Это нормально... или нет, зависит от того, как вы собрали сайт.

У меня сайт на Joomla 3.6.5 , дублей страниц вроде нет

Я сегодня обнаружила то же самое.  В Яндекс Вебмастере написанно "Канонический адрес не указан". То же самое в Гугле " User-declared canonical:  None";

Но самое интересное, что изменения начались 3 недели назад и мне приходят сообщения от Яндекс "Изменился атрибут rel="canonical" важных страниц сайта" , а в значении поля прописанно  "Новое значение: —" ;

Можете пожалуйста подсказать из за чего такое могло произойти? Я страницы в админке вообще не трогала. Как мог атрибут сам начать изменятся на всех страницах сайта?

Ничего страшного, если дублей реально нет то на позиции не повлияет. Можете игнорировать, но на будущее canonical лучше пропишите. Хотя не факт, что это вам чем-то поможет в будущем. По крайней мере вебмастер тул перестанет ругаться. Уже плюс.