После перехода на https пропала региональность в вебмастере

Яндекс считает переход на https: новым сайтом, поэтому и регионы нужно привязать заново

Сейчас нет гео-привязки через Яндекс каталог, потому что каталога самого нету.

У вас просто регионы в прежней версии http остались от Яка.

Если в этих 4 городах у вас есть филиалы/офисы, то смените в карточках организаций адрес на https.

Если филиалов/офисов у вас не было и нет, то боюсь что потеряли вы те 4 региона вместе с переездом.

Данные из Яндекс Справочника уже перекочевали в Региональность, и там есть регионы.

Но вот в разделе Региональности "Вебмастер" можно привязать только один регион. И я думаю, ставить регион производства или всю Россию. На данный момент там вообще ничего не указано. Трафик не просел, даже наоборот (с момента смены на https прошло 2 месяца).

Тогда не трогайте, Яндекс сам присвоит то что сочтет для Вас актуальным

Из 4 регионов добавьте туда самый топовый по спросу и продажам. Если есть Москва - то её.

А сочтёт ли? Если сайт предполагает гео под 2+ регионов, как он будет определять самый актуальный? Или воткнёт все сам?

Что вы тут все за чушь советуете? Из справочника данные приходят - все, значит ситуация нормальная.