Скин по умолчанию устанавливается в переменной $wgDefaultSkin.
Нужно просто открыть файл конфигурации wiki - LocalSettings.php и исправить или добавить туда эту переменную с нужным значением.
Если с английским нормально, то подробней можно почитать тут.
При изменении скина следует помнить, что новый скин применится только для новых или неавторизовавшихся юзеров.
Можно ограничить количество отображаемых скинов для юзера, причем не удаляя физически эти скины. Все пропускаемые скины указываются в переменной $wgSkipSkins
