1. Рекомендую ограничить доступ к фтп...
2. Написал на перле скрипт, "лечащий" уже зараженные файлы сайтов.
Запускать в консоли так: ./curesite.pl путь_к_сайту
Если у кого нет к хостингу доступа по ssh/telnet, могу модифицировать для запуска через веб...