Есть, JS-меню - убийца SEO (меньше для "нового" гуглоспайдера, который понимает JS, абсолютное зло - для ЯндексБота)
В гугле медленнее статьи в топ входят, плюс без ссылок там сложнее продвигаться, гугл любит ссылочки.
Сам себе отвечу, вдруг кому то понадобиться )