Такие вещи решаются просто.
Если проблема проявляется на двух разных серверах, проблема программиста.
Если проблема появляется на двух разных скриптах, проблема админа.
Лечите болезнь, а не следствия.
Как вам заливают шеллы?
Можно отключить интерпретацию php в папке uploads, или подобной, проверять заливаемый файл.
Либо же минимизировать риски с помощью отдельных пользователей, или chroot.
Если сервер позволяет, может проще поднять полноценную виртуальную ферму?
Какой у вас дедик?
Все равно платно. Хетцнер — дискаунтер, им раздавать ещё и cPanel без мазы.
Поставьте лучше Proxmox VE+набор темплейтов и умных скриптов.
ТС, прикрутите WAF или PHP IDS, обычно помогает.
