Host отдельно для Я и G

Насколько помню, директива host была только у Яндекса. В Google только 301й редирект+команда из Центра Вебмастеров или как он правильно называется с указанием нового сайта.

А вообще не тем путем пошли. Тут не клеить нужно, а закрыть от индексации один сайт в одном поисковике, другой сайт - во втором. Вес конечно не перетечет, но мозгонасилия будет сильно меньше в конечном итоге.

Да, аффилиат вам чем страшен? Сайты под разные регионы, так что ранжирование друг относительно друга не изменится, поскольку выдачи разные будут в разных странах. Тут скорее проблема в дублировании контента, и решение - именно закрывать от индексации.

Host в гугле не пройдет, 301-й редирект можете сделать только для гугла по юзерагенту, тогда вес не потеряете

Запрет индексации решит твои проблемы.

Необходимо чтобы домен №1 индексировался в Яндексе и Гугле и ранжировался по Российской выдаче, домен №2 так же должен индексироваться в Я и Г, только по Украинской выдаче, при этом сайты являются дублями. Что посоветуете в данной ситуации?

Сделать 2 полноценных сайта под каждую страну, хотя бы для поисковика :)

Для начала подобрать семантическое ядро под каждую страну своё.

Дальше сделать уникальные:

1) Тексты

2) Титлы

3) Меты

Индексироваться нормально они не будут, пока являются дублями (контактная информация, наверное, разная).

Из очевидного - нормальным зарерайтить то что есть на одном из сайтов. Тексты должны сколько-нибудь отличаться. Структуру, дизайн, ЧПУ и пр можно оставить.

Тут вроде всё просто, если у вас реально два одинаковых сайта.

На российском сайте пишете в host этот домен (вроде этого достаточно для Яндекса, чтобы домен стал главным зеркалом без редиректа, хотя лучше уточнить в Справке).

На украинском ставите на каждую ссылку рел каноникал на украинский домен и на российском тоже ставите рел каноникал на украинский домен (Яндекс не читает междоменные канонические ссылки, уточните в Справке Яндекса, зато Google читает).

Это конечно не трувей, но возможно.

В этом случае не делать полными дублями намного проще, чем изголяться.

В смысле, сайты полностью одинаковые, даже не на украинском один? Страшная проблема :)

1. Полные зеркала друг друга, быть не могут!
Зеркало это полное отражение какой-то информации.
Если www.site.ua это зеркало site.ua, то site.ua это просто главное зеркало.

2. Зеркала нужно конфигурировать в htaccess один раз и для всех ПС.

3. Фильтр аффилиат никак не связан с криво настроенным зеркалом.
В данной ситуации у вас просто дубль контента.
Склейка доменов происходит по средством 301 редиректа а не настройкой зеркал. Первый домен переводит все запросы на второй домен. ПС будет ранжировать второй домен а посетители первого домена будут перенаправляться на второй.

4. host вроде только Яндекс обрабатывает. По логике у тебя просто дубли контента которые будут ранживаться в хаотическом порядке.

Без настроенной системы редиректов, дублей тебе не избежать.

Гугл не клеит по директиве host, он ее вообще не обрабатывает.

Междоменный каноникал не описан в хелпе.

Для гугла единственный вариант - 301 редирект.

Можно отдавать разный роботс, в зависимости от домена (на форуме есть код скрипта robots.php, позволяющей это сделать), где для Яндекса прописать host:siteA.ru у обоих доменов, и один домен закрыть от индексации гуглом.

Вообще не совсем уверен, что вопрос поставлен правильно - если один домен таргетирован на ua, второй на ru, то аффилиат-фильтр Вам не страшен. Тут скорее вопрос дубля контента.