Справедливое разделение ресурсов в Linux

Если сделано умышленно (например для теста) или скрипт очень кривой (например какой-нибудь cron или вообще тот, который отключает тайм лимит [хотя конечно лучше это запретить, но всё же]), то он может загружать полностью ядро/ядра долго.

Проверьте и посмотрите вывод по ps aux

Процессы пхп резко не умирают, если выставить приоритет - особо мешать остальным не будет, если это не форк

cgroups очень слабо документирован в интернете... По крайней мере новый.

Вижу только три утилиты по cgroups:

cgclear

cgconfigparser

cgrulesengd

Причём первая важная не возвращает никакого результата (прочиталась или нет - кто знает?)

cgconfigparser /etc/cgconfig.conf

Как сделать группы и чтобы они загружались при перезагрузке - не понятно. В ручную монтировать точно не вариант...

cgrulesengd

Error: libcgroup initialization failed, Cgroup is not mounted

Не мучайтесь и поставьте CloudLinux. Он умеет жёстко ограничивать CPU для всех процессов одного юзера, распределяя между ними разрешённое время поровну.

Делиться он тоже позволяет, если время жизни скрипта очень короткое