Появились невидимые ссылки

Почистил index.php, результата не дало...

А "левак" и правда вылезал через mySQL

Ну индекс пхп слишком в лоб )) Ищите лучше.

Ссылки скрытые в виде "точек" в тексте или margin-left:-999px; под статьями и т.п. ?

Опиши где ссылки выводит скрипт.

Либо ищи в файле который отвечает за вывод страниц на которых ссылки, либо в файле который отвечает за настройки шаба, например functions.php, default.php и т.д.

Посоветую поставить ключ для входа в админ панель при помощи плагина jSecure Authentication, тогда точно через админку не напихают ссылок.

А если по ФТП связываюсь через Тотал Командер? Или лучше использовать специальные программы фтп-клиенты?

Я знаю один сайт, который принадлежит гос. структуре и там размещаются ссылки на всякие ресурсы и вплоть до сайтов продажи услуг проституток.

По некоторым признакам есть подозрения, что это делает контора, которая занимается поддержкой этого сайта. 😂

Подскажите, пожалуйста, подробнее, как почистить сайт joomla (что там излишнее: дублирующиеся библиотеки, скрипты? ). Где об этом можно почитать?