Настройки сервера или мои кривые руки?

Может кеш статики на стороне серера?

Как это можно узнать не привлекая хостера?

Проверьте, не закончилось ли место. В панели DirectAdmin, нужно будет принудительно обновить дисковую квоту в меню сводка сайта/статистика, так как обновление данных раз в сутки.

Использовано 269.1 Мб из 10000

Такое ощущение, что сайты действительно находятся в других папках (в других аккаунтах) - вносил изменения и на втором сайте, с которыми он вообще не должен отображаться, но работает как и прежде. Решил перенести на другой хостинг, жду пока владелец сайтов сменит нс сервера

Тысячу раз всем говорил: логи, логи, логи, логи! Ничего кроме логов! Первое, куда лезет любой инженер - логи.

В access.log видно отдается ли вам страничка новая (200 OK) или вы кэш забираете (304 Not Modified). Может у вас вообще access.log не пополняется и вы не туда попадаете. Чтобы ни было, 90%, что ошибка моментально всплывет. А гадать на кофейной гуще будете потом, если в логах пусто.

может у вас что-то типа INDEX.HTML вместо index.html и старый файл на месте

ну бред конечно, но мало ли что)))

прям желание появилось залезть на хост к ТС и посмотреть, что же там не так ТС наворотил )))

Если на входе Nginx, то перезагрузить его или подождать пока его кэш устареет.

Все решилось переездом на другой хостинг, к полуночи все заработало четко

ой, если бы был инженером, наверное так бы и сделал, а так - начинающий любитель. Посмотрел логи - примерно в то время, когда начал обновление, запись логов прекратилась (после 14.05). До этого отдавалось с 200, но при этом размер файла выдавался 5755 вместо 20227.

Ну и зря. Можно бы было найти ошибку. Если логи не пополняются - значит почти нашли ошибку. Впрочем если хостер не помог с такой просто проблемой, может и правильно переехали.