Что вы смотрите, когда заходите к себе на VPS/VDS сервер?

вообще захожу по SSH , чтобы работать над сайтами, править скрипты, настраивать cron, заливать файлы и скачивать файлы...

кроме этого, запускаю сервисные скрипты и смотрю состояние ОЗУ по top

и иногда прибиваю процессы по kill 

как то так... 

Смотрю загрузку процессора/памяти по htop, смотрю логи nginx.

Зачем каждые N минут заходить и смотреть вручную, есть есть нормальные мониторинги с уведомлениями? Если жаба душит платить, есть бесплатный Zabbix.

Если цель входа в SSH не в том, чтобы посмотреть состояние диска, памяти, то нет. Все серверы мониторятся Zabbix и другим аналогичным ПО, если не хватает места, памяти, процессора, то это видно и так. А если всё ок, то и смотреть незачем. Если не хотите использовать специализированное ПО мониторинга, то смотрите df, free, top.

Так основное по памяти, диску, входам, ошибкам (ну там перевыпуск летэнкриптов, бэкапы), провалам и перезагрузкам служб  и прочее эта панелька сразу и показывает. Зачем ковырять по очереди то же самое по ssh - науке это не известно. 

Там и сотой доли функционала нормального современного мониторинга нет.

Я для  этого настроил munin, и захожу пару раз в день глянут на графики. Позволяет за секунды определить проблему, если она есть и сайт (если настроены графики по сайтам)

аналогично, плюс

apt update
apt dist-upgrade

А почему dist-upgrade, а не просто upgrade?

Почитайте, чем команды различаются. Они делают одно, но разными методами в плане зависимостей.