Подскажите какую лучше выбрать ОС для VPS Cloud Cluster (KVM).

Берите убунту. Большинство QA-шек, FAQов и инструкций пишут именно под нее, любые версии любых пакетов всегда в наличии, мейнтейнеры активны, экзотические репозитории чаще живые и намного меньше телодвижений требуется для запуска проекта на образе "из коробки".

У вас в списке выбора есть и FreeBSD 10 64bit и Windows Server 2008 R2, что размещаться на сервере то будет?

Centos 7 64bit - золотце же!

Centos 7 64bit (ISPmanager 5 Lite) - для тех кому лень

Debian 9 64bit - ISPmanager при желании вроде нормально накатывается самостоятельно, и воопще поставил и забыл.

FreeBSD 11 64bit - ну хзхз

Ubuntu 18.04 64bit - почему нет

Windows Server 2016 - кхе кхе...

* Если нет уже на борту уверенного знания фри - ее выбирать не надо, потому что там пингвинячьи знания помогут, но слабо

* Не надо брать винду, если это не обусловлено спецификой проекта, в связи с несравнимо большим TCO

* У меня (частным образом), как у сильно старорежимного, не вызывает доверия Убунта, как серверная платформа + "Ubuntu 12.04 LTS reached its regular End of Life on April 28, 2017", Trusty Tahr тоже закончится в этом году...

* У центоса и дебиана разница пожалуй только в том, что дебиан консервативен и самые свежие моднячьи пакеты в нем не найти. Это если о радикальных нетехнических отличиях

Выбор панели - вообще дело сугубо личное: "Кому попадья, а кому - свиной хрящик"

HTH

Чушь на чуши.

"Экзотических репозиториев" априори не должно быть включено на продакшне, это абсурд. Ничего не имею против deb-based дистрибутивов; но утверждение, что именно под них написано большинство манов - имхо, притянуто за уши... в обоих случаях (deb-based, rpm-based) написано столько, что и десятой доли было бы чересчур.