Нужен коллективный разум - высокая нагрузка

На старом - PHP/5.4.39

На новом - PHP Version 5.4.39

Тонкое место в Вашей ситуации - это именно mysql, перенесите сервер mysql на другую машину с SSD винчестером.

С чего это вы взяли? :)

Диски на старом (нагрузки щас нет, пустой стоит)

/dev/sda:

Timing cached reads: 27610 MB in 2.00 seconds = 13822.86 MB/sec

Timing buffered disk reads: 440 MB in 3.00 seconds = 146.56 MB/sec

Диски на новом (сильно нагружен)

/dev/sda:

Timing cached reads: 1246 MB in 2.00 seconds = 622.80 MB/sec

Timing buffered disk reads: 388 MB in 3.00 seconds = 129.28 MB/sec

А если вывести atop? Что там у нас?

Так же смарт дисков покажи. Может им ППЦ.

Был опыт работы с этой CMS, много запросов ест эта платформа.

http://s011.radikal.ru/i317/1506/b9/1ce3550efda6.jpg

С таким количество памяти надо просто настроить mysql так, чтобы она была свободна и временные таблицы вынести в память.

Если веб сервер ждет ответа от MySQL, процессы должны быть в состоянии ожидания. Согласно картинке из первого поста, веб сервер ничего не ждет, ничем не заблокирован. Следовательно MySQL в данном случае не является проблемой.

Смарт дисков Админ смотрел 1 делом, сказал все ок. Да они были чуть медленее чем старых, но не критично