Установка MySQL 5.6

Не надо было удалять.

Что сейчас делать?

Правильный подход, это ДО того, как ставите панель, подключить официальный репозиторий mysql 5.6. Его пакет mysql-server

заменяет системный пакет mysql-server, который как раз и ставит ispmanager. Далее поставить панель стандартным способом.

В итоге у вас будет корректно установленный mysql 5.6 средствами самого ispmanager. Тоже самое, например, с mysql 5.7.

В вашем случае может быть что угодно, от остатков старого мускуля (не полное удаление) до нарушенных зависимостей пакетов,

никто вам не скажет что делать не видя ситуации на сервере.

Если я правильно понял, это чистый сервер, на котором ничего нет. Я бы рекомендовал переустановить его, а затем сделать,

как я написал в самом начале. Т.е ставите чистый дебиан, подключаете репозиторий https://dev.mysql.com/downloads/repo/apt/

качаете .deb пакет, ставите его через dpkg -i, конфигурируете, выбираете там нужную версию мускуля, а затем ставите панель.

И уже панелью ставите нужное ПО стандартным способом в "возможности"

P.S. - лучше используйте более свежую версию дебиана. 9ю

Evas, зачем, в ISPmanager есть альтернативные версии:

MySQL 5.5, 5.6, 5.7, 8,0+

Mariadb 10.0, 10.1, 10.2, 10.3+

Если сервер чистый. Снесите всё, поставьте более новую версию ОС и при установке панели выберите уже нужную версию Mysql.

На будущее удалять ничего не нужно. Подключаете нужные репо и обновляете.

Никогда этим не пользовался, по мне так это какой-то костыль или очень специфичная вещь как несколько mysql. Лучше стандартно обновиться, ОЧЕНЬ редко нужны разные версии mysql

Это конечно здорово, но это действительно лишнее. Это не php, когда надо несколько версий параллельно запускать. Каждую из них надо настраивать,

каждой надо выделять ресурсы, они ведь не резиновые. За исключением каких-то специфических ситуаций это не надо. Более того, они разворачиваются

с помощью докера, т.е в некоем контейнере, т.е имеет место виртуализация. Сомневаюсь, что это положительно скажется на производительности.

Это вполне применимо, чтобы переносить какой-нибудь проект или тестировать свои наработки в более новых Mysql версиях т.к. там есть свои нюансы, даже сейчас Mariadb есть уже несовместимые языковые запросы.

Вот для этого поднять докер и протестировать, чтобы потом уже перенести в продакшен, это вполне вменяемая вещь.

Но юзать её в продакшене не вижу никакого смысла.

Для разработки да, нормальное явление. Тут ничего не говорю. В этом удобство докера, быстро поднять что либо не особо заморачиваясь,

но запускать под ним ещё один альтернативный мускуль на реальном сервере или же даже просто использовать этот докерный мускуль на

боевом сервере - лишено смысла, да и, кажется мне, это повлияет на производительность, хотя я не проверял.

Ну вообще-то разным сайтам, как и в случае PHP, нужен и разный скуль. Тем более нормально оно работает там в контейнере. Но штука действительно немного специфическая и нужно понимать что делаешь. В остальном все работает отлично. Можно и в продакшн юзать, не вижу преград. Но я бы просто обновил системный скуль.

Это стандартным сайтам по вебу? :)