Ограничения со стороны наших алгоритмов,

Яндекс мог поймать по поведению пользователя.

Если не HTTPS и нет CSP, то это могла быть реклама мобильног оператора. Ага.

Еще если есть файл редиректа для ссылок, может доры его спамят.

Как то была ситуация, пользователи жаловались что с сайта периодически перенаправляет на чужой сайт. Поиск вирусов ничего не дал. Подумали может это кто из пользователей с вирусом, и это только у него такая проблема. А оно как то раз и у меня так случилось. Пришлось поочередно убирать с сайта все что могло спровоцировать переход.

В итоге что оказалось, игровой баннер на флэше содержал код, в котором четко было прописана переадресация (причем, вроди там он был подогнан под сайт). Вот и получается, что солидность автора баннера не гарантирует что все в порядке.

Раз Яндекс жалуется значит на сайте вирус.

Выкачивайте весь сайт и ищите по include, explore, мобильным ip(поиск по цифрам), exec и прочему.