Помогите решить проблему с VPS

На самом деле там ошибка 500: бекенд не успел/смог ответить, смотрите его логи.

Да, в файле /var/log/paypal.log появляется запись:

[07-08-2016 06:26:20] PayPal\Core\PayPalHttpConnection: INFO	: POST https://api.paypal.com/v1/payments/payment

[07-08-2016 06:26:21] PayPal\Core\PayPalHttpConnection: INFO	: Response Status 	: 201

если он не успевает, то чего ему не хватает? Можно как нибудь узнать, что именно виснет?

Ищите в логах бекенда (Апача, php-fpm или что там стоит за Nginx'ом). А INFO - это пока не ошибка.

Пока копаю папку var/log, ещё что заметил, в логах апача появляется строчка zend_mm_heap corrupted

Причин много, попробуйте newrelic подключить, они бесплатно 2 недели дают, думаю успеете найти.

Подключил, но никаких ошибок он не показал.

---------- Добавлено 08.08.2016 в 21:22 ----------

Кроме одного 2016-08-08 12:16:24.146 (20175) warning: nria_sample_diskio(): sigar_disk_usage_get(/dev/vzfs) failed - disk metrics not reported this cycle; status=2

Может нехватает времени или памяти на выполнение скрипта или из,

и нужно увеличить ресурсы или время на выполнение скриптов? Как ещё можно узнать что подвисает?

Если тормозит диск, то мискуль не отвечает и это может дать такую проблему

А за время ожидания ответа отвечает max_input_time = 60 я так понимаю?

Вот что творится в php.ini

engine = On
short_open_tag = On
asp_tags = Off
precision = 14
output_buffering = 4096
zlib.output_compression = Off
implicit_flush = Off
unserialize_callback_func =
serialize_precision = 17
disable_functions =
disable_classes =
zend.enable_gc = On
expose_php = On
max_execution_time = 30
max_input_time = 60
memory_limit = -1
error_reporting = E_ALL & ~E_DEPRECATED & ~E_STRICT
display_errors = Off
display_startup_errors = Off
log_errors = On
log_errors_max_len = 1024
ignore_repeated_errors = Off
ignore_repeated_source = Off
report_memleaks = On
track_errors = Off
html_errors = On
variables_order = "GPCS"
request_order = "GP"
register_argc_argv = Off
auto_globals_jit = On
post_max_size = 8M
auto_prepend_file =
auto_append_file =
default_mimetype = "text/html"
doc_root =
user_dir =
enable_dl = Off
file_uploads = On
upload_max_filesize = 2M
max_file_uploads = 20
allow_url_fopen = On
allow_url_include = Off
default_socket_timeout = 60
[CLI Server]
cli_server.color = On
[MySQL]
mysql.allow_local_infile = On
mysql.allow_persistent = On
mysql.cache_size = 2000
mysql.max_persistent = -1
mysql.max_links = -1
mysql.default_port =
mysql.default_socket =
mysql.default_host =
mysql.default_user =
mysql.default_password =
mysql.connect_timeout = 60
mysql.trace_mode = Off
[MySQLi]
mysqli.max_persistent = -1
mysqli.allow_persistent = On
mysqli.max_links = -1
mysqli.cache_size = 2000
mysqli.default_port = 3306
mysqli.default_socket =
mysqli.default_host =
mysqli.default_user =
mysqli.default_pw =
mysqli.reconnect = Off
[mysqlnd]
mysqlnd.collect_statistics = On
mysqlnd.collect_memory_statistics = Off

В папке /etc/php5/conf.d/ 20-mysqli.ini там extension=mysqli.so такого файла вообще нет.

Хотя бы ошибки php посмотрите. Если error_log не задан, то сделайте файл руками, поправьте права на запись, пропишите в конфиг, убедитесь, что оно работает и смотрите дальше.

он точно подключен к приложению, или просто установлен пакет newrelic-sysmond ?