Как правильно переехать?

в гугле может не склеить - были проблемы ранее при подклейке двух доменов к одному

а так да - постраничный 301 редирект , и не снимать его , но лучше когда уже есть и все работает просто запустить третий магазин исключив аффилиат

тогда вопрос по редиректу))

более 1000 товаров... это все запилить в правилами в htaccess ??

это у гугла или программистов спрашивайте , я кодом не занимаюсь

Да, потому что скорее всего на каждый источник будет одно-два (!) правила в RewriteCond, не потоварно правила писать

Просадка будет все равно, как ни пляшите с 301