backup вызывает deadlook

Это проблема в ваших сайтах. Какие-то выборки блокируют записи или требуют блокировку, а когда бэкап создаётся он использует записи и движок ваш не может прочитать записи.

Базы не маленькие, лучше бэкап перенести на слэйв сервер.

Понизьте изоляцию, если не хотите решать конфликты запросов.

спасибо, поставил transaction-isolation = READ-UNCOMMITTED, посмотрю как сегодня бэкап пройдет.

получается блокирует select в коде какой-то?.. пока блин не могу найти какой\какие запросы это вызывает.

Поддерживаю полностью, особенно если базы в активном использовании во время бекапа. Ну и отказоустойчивость слегка повысится.