Убрать ошибку 301.

Делать 200 при любом обращении к сайту - это как раз и есть грубая ошибка.

А 301 при адресе без слеша - это не ошибка и не мешает индексации. Просто старайтесь этот адрес нигде не упоминать.

Индексация внутренних страниц не происходит. Яндекс неоднократно посещал сайт и индексировал только главную. А в Яндекс.Вебмастер показывает одну ошибку — 301.

Не упоминать? Очень часто пишу не я, а другие люди. А Вы всегда ставите слеш в конце?

Поясните, пожалуйста, почему ставить на все 200 это ошибка?

Основная проблема в том, что сайт с www и без www — это разные сайты.

Как бы сделать так, чтоб при наборе site.ru переносило на www.site.ru?

Не надо делать строго 200.

Надо исправлять структуру урлов в навигации.

В стандарте на HTTP протокол совершенно не зря придуманы коды ответов на все случаи жизни.

Самая простая грубая ошибка - это выдача кода 200 на запрос несуществующей страницы вместо положенного 404. Такие адреса могут проиндексироваться, тогда вы придете снова, с вопросом "как мне бороться с дублями страниц". А их просто не надо плодить.

Оставьте 301 на адресе без слеша, и на вас будут меньше ставить неправильные ссылки, т.к. скопировать неверный адрес из адресной строки будет невозможно.

Как сделать редирект с сайта без www на сайт с www - читайте FAQ для начинающих.

Если это так - это плохое решение.

Зачем редирект? Объедините эти сайты конфигом апача (или др. http-сервера)! Естественно, при этом site.ru и www.site.ru в файле зоны должны смотреть в один ip :)