Как определить наверняка, что сайт качается программой?

leswart, открытие последовательно большого количества страниц с одинаковым интервалом ☝

А какие-нибудь изощренные методы есть - например преход по кнопке без наведения на неё курсором?

Никак. Парсеры (и накрутчики ПФ) сейчас ходят нормальными браузерами с мобильных IP-адресов Мегафон, Билайн, МТС, Yota через прокси типа таких и постоянно меняют IP адрес на новый. Поэтому они почти ничем не отличаются от легитимных посетителей.

Такие отлавливаются только эвристически-статистическими методами, а это далеко не "пару строк на php".

PS: В некоторых конкретных случаях удаётся отловить и таких, но это тема, увы, не для паблика.

Спасибо за ответы! А как насчёт перехода по скрытой ссылке, например картинка прозрачная размер 1px, посетитель врятли перейдет по такой, а парсер наткнется

Да, наткнётся, и что? Он второй запрос будет делать с другого IP и с другим ЮзерАгентом. Для третьего запроса - снова их поменяет.

Вы так все мобильные сети перебаните.

Плюс, по таким скрытым ссылкам перейдут роботы всех поисковых систем.

... настроить работу сайта через CDN и фильтровать роботов...

Если есть заход на какую-то страницу, без предварительного посещения страницы, на которой есть ссылка на эту страницу - признак вполне самостоятельный. Банить можно сразу.