Редирект и склейка -- как сделать корректно в 2016?

Склеиваете только те страницы, которые относятся к Иркутску. Если все относятся, то весь домен редиректите на /irkutsk/.

Весть старый домен А относится к Иркутску. Я правильно Вас понимаю, что Вы советуете склеить домен А с Б/irkutsk/ через robots.txt?

Это возможно? Какая директива используется в этом случае?

Нет, тогда просто в robots.txt прописываете Host:доменБ

Если не будет клеиться, тогда можно попробовать вместо каталога Б/irkutsk/ сделать поддомен irkutsk.доменБ - в принципе, этот вариант можно использовать сразу, тогда через robots.txt должно нормально склеиться (тогда директива будет Host:irkutsk.доменБ).

Если новый сайт под 4 региона - как реализована структура под регион Иркутск? Если отдельной страницей/категорией - перекиньте весь старый домен на новую структурную единицу города редиректом, предварительно склеив домены в robots.txt.