Может ли аффилиат накладываться по ip шнику владельца сайта в метрике или вебмастере?

Нет, не может, т.к.:

У знакомого в панели вебмастера 3 разных сайта/заказчика со схожим ядром. По некоторым запросам в топе все три сайта.

нет.

в Я.вебмастере давно больше 20 сайтов, часто одной тематики - аффиляции нет.

Я вот думаю что может и за метрику и за вебмастер. Но вот не знаю может ли за один ip постоянно заходящего в метрику или вебмастер быть такой фильтр, если аккаунты разные. Если бы я работал в Яндексе - я бы накладывал за это фильтр. Точнее покрайней мере проверку какую то делал. Но может паранойя.

Вот пишут: Как Яндекс находит аффилиаты?

При поиске сайтов-аффилиатов Яндекс опирается на ряд признаков, которые могут свидетельствовать о принадлежности сайтов одному владельцу, основными из которых являются:

одинаковые контактные данные (адреса, телефоны, e-mail, т. д.);

одинаковая информация о компании (юридический адрес, название компании, реквизиты и т. д.);

похожий дизайн и структура сайта;

наличие ссылок друг на друга;

идентичный каталог продукции/услуг, одна ценовая политика;

схожий контент (дублируются тексты и т. д.);

схожие технические данные сайта (один IP-адрес, один владелец доменов и т. д.);

одинаковая информация о сайтах во внешних источниках (Яндекс.Справочник, различные порталы и справочники и т. д.);

пересекающиеся аккаунты в сервисах Яндекса (например, один аккаунт Яндекс.Вебмастера).

На вас конкуренты быстрее настучат, чем Яндекс по айпишнику вычислит, где чей сайт. Не нужно параноить лишний раз.

А Яндекс может определить владельца доменов .ru?

Аффилиаты, только в комерческой тематике, статейники-развлекательная возможны?

Отслеживать может и отслеживает, но санкции не принимает. Лично знают человека, у кого несколько вебмастер.аккаунтов где по 30-40 сайтов.

нет не может, но Яндекс про вас уже все знает