Yandex bot сходит с ума

Напишите в техподержку яндекса)

https://yandex.ru/support/webmaster-troubleshooting/site-indexing/highload.html

Пока это не критично для сервера, я бы не ограничивал.

Если напишите им, они отрубят))))

Получается, в среднем каждую страницу бот посещает примерно по сто раз в день? Даже не буду задавать вопрос про обновление и генерирование контента, это в любом случае неадекватно много. Crawl-delay ставить тоже не советую, лучше в саппорт написать. Вероятно, какой-то глюк

Проверьте сайт на наличие вирусов. Сайт могли и не ломать, а вот вирус на комп подбросить. Каких-нибудь левых программ в последнее время не скачивали? На Яндекс это не похоже, кто-то парсит.