Оторвать persistent от базы, внимательно смотреть в mysql show processlist.
Не надо качать литературу по "администрированию Linux".
Надо качать литературу по "внутреннему устройству и принципам работы Unix".
Начать с цитфорума.
http://g0l.ru/blog/imgs/plan.jpg
Если вы настраивали в grub.conf boot-once - звонить хостеру и перегружать машину.
Если нет - искать квм.
Если квм нет - см. ссылку.
Ну, оно вообще кривое :-) Но пока работает - работает быстрее :-)
khttpd :-)
Господа, прощу прощения - подождите немного, у меня кончился поп-корн.
Раз видит 3 гига - то без pae :-)
Пересобрать ядро.
Но лучше поставить нормальный x86_64 дистрибутив. PAE - кривая штука, сильно тормозит.
А что в логах крона?
И вообще, куда именно в кронтаб вписано выполнение этого скрипта?
А скрипт, небось, какой-нибудь system('wget ...'); делает?
А $PATH в кроне ему проваливается такой же, как и в консоли? :-)
А eaccelerator.so таки обновляется?
Есть ненулевая вероятность, что при make install система не дает перезаписать открытый файл.
Ниасилите - стучите в аську.