Вопрос по тому что выдает команда du

Попробуй выполни в этой папке команду ls -la, возможно она и не пустая.

du - возвращает размер занимаемых кластеров. так что разные значения - это нормально.

более точно размер можно узнать так:

du -sh --apparent-size *

Сейчас папка пустая, но раньше в ней было много файлов. Которые были удалены. После чего, du на размер папки говорит 2 с хвостиком М. Я просто пересоздал папки, теперь их размер 4К но хотелось бы понимать, что это было...

Solmyr, каталог - это тоже файл. Например, на freebsd можно даже случайно вывести содержимое каталога открыв его как файл командой cat. Файл вырос, занимаемое им место выросло.

Если это так напрягает, можно просто удалить и создать папку заново.