Не удаляются таблицв из БД

возможно с правами доступа к файлу проблемы либо файл большого размера, к хостеру обращались?

Как бы разумно предположить, раз из программы вы видите только потерю соединения, то хоть какая-то полезная информация может быть только в логах сервера. Вот их и нужно смотреть.

Очевидно, что неправильно восстанавливались. Раз у вас хостер такой добрый, может он же и доделает.

Права те же самые. Таблицы с двумя-тремя записями.

В логах

2016-02-02 21:05:50 20734 [ERROR] InnoDB: Failed to find tablespace for table '"core_theme_settings_fields"' in the cache. Attempting to load the tablespace with space id 2479.



2016-02-02 22:51:00 20734 [Warning] InnoDB: Cannot open table core_plugin_hooks from the internal data dictionary of InnoDB though the .frm file for the table exists. 



2016-02-02 22:52:10 87ffab70 InnoDB: uncompressed page, stored checksum in field1 0, calculated checksums for field1: crc32 536728786, innodb 1575996416, none 3735928559, stored checksum in field2 0, calculated checksums for field2: crc32 536728786, innodb 1371122432, none 3735928559, page LSN 0 0, low 4 bytes of LSN at page end 0, page number (if stored to page already) 0, space id (if created with >= MySQL-4.1.1 and stored already) 0



2016-02-04 16:51:06 15109 [ERROR] InnoDB: Table core_theme_images contains 3 indexes inside InnoDB, which is different from the number of indexes 2 defined in the MySQL 



2016-02-04 16:52:48 88b52b70  InnoDB: Assertion failure in thread 2293574512 in file btr0btr.cc line 707

InnoDB: Failing assertion: mach_read_from_4(seg_header + FSEG_HDR_SPACE) == space

InnoDB: We intentionally generate a memory trap.

InnoDB: Submit a detailed bug report to http://bugs.mysql.com.

InnoDB: If you get repeated assertion failures or crashes, even

InnoDB: immediately after the mysqld startup, there may be

InnoDB: corruption in the InnoDB tablespace. Please refer to

InnoDB: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/forcing-innodb-recovery.html

InnoDB: about forcing recovery.

12:52:48 UTC - mysqld got signal 6 ;

This could be because you hit a bug. It is also possible that this binary

or one of the libraries it was linked against is corrupt, improperly built,

or misconfigured. This error can also be caused by malfunctioning hardware.

We will try our best to scrape up some info that will hopefully help

diagnose the problem, but since we have already crashed, 

something is definitely wrong and this may fail.



key_buffer_size=33554432

read_buffer_size=131072

max_used_connections=3

max_threads=400

thread_count=1

connection_count=1

It is possible that mysqld could use up to 

key_buffer_size + (read_buffer_size + sort_buffer_size)*max_threads = 189749 K  bytes of memory

Hope that's ok; if not, decrease some variables in the equation.



Thread pointer: 0xffffffffb92a3de8

Attempting backtrace. You can use the following information to find out

where mysqld died. If you see no messages after this, something went

terribly wrong...

То, что бд не правильно восстановилось это я уже понял. Хотел спросить можно ли удалить файлы таблицы innoDB напрямую, но теперь как я понимаю одним удалением не обойтись и нужно восстанавливать инфраструктуру innodb.

repair table `table_name` не помогает?

Эти таблицы мертвые на все запросы.

Запускал mysql сервер с innodb_force_recovery 1 и 2, результата нету. Лог можно посмотреть выше.

Воспользовался советом про бэкап рабочих таблиц и удаления бинарных лог файлов http://dba.stackexchange.com/questions/35959/error-when-dropping-innodb-database#35968