Как правильно менять адреса ссылок на сайте для выбранного пользователем языка

У Яша другое рекомендует: https://help.yandex.ru/webmaster/recommendations/indexing.xml

Тег <base> хорошее решение, если ваша CMS генерирует относительные URL адреса. Обычно бывает в шаблоне относительные а сам движок вставляет абсолютные адреса.

Можно перед выводом контента парсить его скриптом. Находить теги A с атрибутом href и вставлять префикс в адрес URL в зависимости от выбора языка.

А где это технически меньше гимору в поддоменах?..

выбранный пользователем язык лучше хранить не в ссылках, а куках или сессиях PHP

Да вы, батенька, прямо-таки последователь Мазоха:) Для большинства пост на др. языке как-раз таки проще (и где-то правильней) сделать и выдать на отдельном урле. Без сабов и кук. Хотя бы по тому, что пост на русском и пост на английском - 2 разных поста одной CMS. Логично, что они должны иметь разные урлы в соответствии с правилами формирования оных.

Что бы это "проще" работало в реальности нужно ой как немало потрудится. Кроме движка, ещё и сервак должен быть настроен соответствующим образом.

С base не судьба — его href поддерживается не всеми браузерами плюс он влияет на ссылки #, на css, на картинки и прочее, прочее. Получается ниразу не удобно :--(