исчезает файл

айболит в руки.

Удалить все неиспользуемые темы (кроме дефолтных) и левые плаги, а не левые - обновить до версии, совместимой с последней версией ВП. Если таких нет - заменить на аналоги.

Можно еще скачать все себе на компьютер и проверить антивирусами разными.

я обычно проверяю каспером и авастом.

Может где зараза затоилась.

Проверить-то можно (если заняться больше нечем), только толку от этого не много. :)

Ну почему же, толк есть. index.php с открывающиймся тэгом, не помню в каком месте и перед ник вредоносный код - AVG сразу всполошился, но сказал лишь,что это php-agent

---------- Добавлено 02.07.2015 в 22:18 ----------

Логи чего? access и error у меня есть, то там ничего интересного нету,да и врядли может быть.

Потому что десктопные антивири предназначены для защиты винды, а не сайтов.

Тебе же сказано чем искать нужно:

Посмотрите по файлам, когда происходило изменение файлов.

Потом по access логу посмотрите к каким файлам обращались в это время.

Обратите внимание если обращались к файлу котрый был удалён.

Это может дать интересные результаты.

А error логи если посмотреть, то можно видеть попытки, если таковые были, эксплуатации какой либо уязвимости.

Не нужно принебрегать даже малейшей возможностью найти "следы", даже если вы уверены что там их нет.