почему Яндекс выдаёт разные страницы одного сайта при указании региона и без указания

Может потому что вы уточнили запрос и сделали его более узким :). Естественно отсеив сайты из других регионов, вы стали выше в поиске. Как минимум убрались не московские сайты. Потом московские сайты могут тоже иметь регион "Россия" например, а у вас "Москва".

Ну и смена релевантной страницы - главная у вас сильнее просто, поэтому 3-е место, а не второй десяток (это вы обогнали пару именно московских сайтов).

Скорее всего потому, что на главной странице есть максимум контактов и указание на региональную принадлежность, яндекс считает ее более релевантной при более точном указании региона.

Вообще на практике даже минимальное различие в запросе (например слоны красивые и красивые слоны) - мало того что позиции разные могут быть, но и релевантные страницы!

Может стоит еще раз посмотреть какая из СТРАНИЦ более оптимизирована под запрос и релевантна ему (главная или внутряк). вполне возможно они у вас периодически меняются в качестве релевантной. Вполне возможно стоит оптимизировать и усилить внутреннюю страницу.

Подтверждаю, что на главной страницы адреса/телефоны всех магазинов/салонов/офисов.

На всех внутренних страницах укажите московские контакты. В шапке, или в сайдбаре, или хотя бы в подвале.

в шапке указаны московские стационарные телефоны. Или этого мало?

Да нет, рядом с 7 сайтами первой десятки (в выдаче без явного указания региона) Яндекс явно указывает, что они из Москвы, дополняя станицей метро и фактическим адресом.

Тогда почему при неуказании региона Яндекс даёт ссылку не на главную страниц???

у вас 2 страницы сейчас скорее всего спорят и имеют примерно одинаковую релевантность. Я же говорю в таких случаях может выдаваться любая из них, как уж яндекс выдаст.

у меня тоже такие есть запросы где, например, если с маленькой буквы - то одна стр, если с большой запрос начинается - другая релевантная. Хотя запрос тот же. С этим надо поработать. или скачут - то одна, то потом по этому же запросу другая страница в выдаче

вы определитесь какую страницу вам надо в выдаче и поработайте над этим!!!(только подозреваю что сейчас если внутряк - позиция будет хуже, если главная - лучше. Или оптимизируйте главную хорошенько или увеличивайте вес внутряка и его релевантность, можете включить ключ "оловянный товар в Москве", например, контакты дополнительно прописать, ссылочное добавить ну и тд)

P.S. я не даю 100% гарантию, что это только эти причины, может еще что-то. только эти - наиболее вероятные по тому, что вы описывали.