Давно сюда не заходил, поэтому вопрос в "от новичков"

Как вариант сначала посмотри что в данный момент находится в базе Яндекса:

http://www.yandex.ru/yandsearch?serverurl=твой_сайт

Если этого мало, то по конкретному запросу ищем на нашем сайте и анализируем линки, которые выдает Яндекс с Вашего сайта на Ваш запрос.

А уже судя по структуре этих линков можно понять происходит ли выдача с переделанной структуры сайта или нет.

А вообще, ИМХО, 3 недели это не срок, особенно если вы написали, что ваш ресурс состоит из большого кол-ва разделов.

ДА это все понятно... Ссылки не с переделанной структуры! Проблема то в том, что либо Yandex не забирает страницы, хотя судя по логам все вроде нормально.... Либо апдейт не делает.

И вообще активность StackRambler бота намного выше чем Yandex bot... Это и настораживает и печалит. :-(

У яндекса уже минимум месяц какая то ерунда с ботом происходит. Сам сижу и жду, у моря погоды! С декабря жду. Но вроде потихоньку дело сдвинулось с мертвой точки.

А это с чего бы?! Причем тут глубина вложенности?! Если запрос действительно редкий, то он должен за счет текста вылезти!..

Ну и, конечно же, ждем! Вот как обновит с переделанной структурой, то будем смотреть дальше.

Запрос редкий, но конкурентный. Речь идет об информационном сайте, посетители-продавцы добавляют цены к товарам.. Но многие ведь и продают эти товары, и соответственно конкуренция есть... конкуренция с интернет-магазинами... :-) Ждем...