Как ссылки из ГГЛ переключить на другое зеркало?

Наверное как-то так:

RewriteEngine On

RewriteBase /

RewriteCond %{HTTP_HOST} .

RewriteCond %{HTTP_HOST} !^domain\.com [NC]

RewriteRule (.*) http://domain.com/$1 [R=301,L]

Никак - просто склейте зеркала - 301 редирект с www на без www, вес перетечет на основное зеркало постепенно. Вебмастера ГГЛ в основном не реагируют на просьба изменить ссылку, да и смысла нет тратить на это время.

я поменял в вебмастере зеркала. написано 2-4 недели ждать. насколько велика вероятность что зеркала переключатся?

Зеркала переключатся в указанные сроки. Ссылки размещенные от этого не поменяются, но вес будут передавать новому зеркалу. Не переживайте.

я вообще правильно понимаю, если ссылки стоят на домен с www, а сайт без www, то эти ссылки не учитываются совсем? или яша их как-то все-же учитывает?

Помимо выбора основного зеркала в яндексе нужно настроить 301 редирект на сервере с домена www.cite.com на сite.com и указать Host в robots.txt:

Host: cite.com

Я вам уже писала - ссылки учитываются, вес перетечет постепенно после склейки доменов.

С www или без - это один и тот же сайт, просто вы выбрали главное зеркало - которое будет показываться в результатах поиска и собирать вес всех ссылок.