ProFtpd не пускает root

+1 за proftpd, перепробовала и vsftpd и pure-ftp, на всех серверах поставила именно первый.

Все верно pupseg вам объяснил про пользователей, не войдете по ftp рутом, пока не уберете его здесь:

# nano /etc/ftpusers
# /etc/ftpusers: list of users disallowed FTP access. See ftpusers(5).

root
daemon
bin
sys
sync
games
man
lp
mail
news
uucp
nobody