Есть ли смысл так делать?

Кто-то не будет, кто-то будет.

Мнения о процентном соотношении первых и вторых разнятся. Прогоните одну внутреннюю, проверьте, какова Ваша база на предмет приёма внутренних страниц :)

dostavik, к тому же многие каталоги после регистрации стартовой не позволят зарегистрировать внутренние.

Делал так для своего сайта:

1. не все принимают повторно один домен, но всё таки есть и такие

2. чем больше ссылок с одного сайта на внутренние, тем меньше вес каждой из них (ИМХО наблюдения)

Одного пока не понял: регить лучше в своём разделе, куда тематически подходишь или на страницах, которые поближе к титульной?!

Но то, что Яндекс хорошо реагирует на ссылки внутренних - факт! Надолго ли?! :)

Есть и которые ставят внутренние не первые

Наверное чаще эти каталоги помойки плохомодерируемые. Анкоры лучше другие делать.

Не на ссылки он реагирует, а на саму страницу. Как правило она лучше заточена под конкретный запрос. А так поисковику фиолетово, на какую страницу, морду или внутреннюю ведут ссылки.

Есть смысл прогонять, но только не по той же базе, а по каталогам которые эти внутренние примут.