Вот такое веселое утро воскресенья...

Если у вас root доступ, то админить и обеспечивать безопасность (за исключением ddos атак), это ваша работа. (Письма от систем IDS кому идут?) Другое дело, что предоставляя реселлерский хостинг, нельзя быть уверенным в прямости рук писавших cgi скрипты для сайтов клиентов. А если у вас еще и апач работает без cgi wrapper'а, а очень похоже, что так, то тогда - резвись сколько хочешь. Ваше счастье, что сервер под freebsd, был бы под линуксом, они бы и рута поимели. В общем ищите аудитора сетевой безопасности и заключайте с ним договор на периодический мониторинг. Иначе все будет повторяться снова и снова.