Как следить, чтобы не воровали?

Это очень упрощенно... Есть несколько состояний присутствия товара у Вас в магазине и, как показывает практика, чаще всего товар "растворяется", когда товар переходит из одного состояния в другое.

Кстати, "менеджер" здесь в каком контексте? Кладовщик? Логист? Сейл? Финансист? Любой из этих людей - может облегчить ваш склад. А, поскольку у вас, интернет-магазин небольшой, то, скорее всего, будет совмещение персонажей и возможностей - только прибавится.

Независимо от товара, не привязываясь к программам, вам надо для себя нарисовать на бумаге схему движения товара и учета на каждом этапе.

1) Прием товара

а) кто принимает? (исключаем ошибки поставщиков)

б) кто и как приходует? (кладем товар в систему учета, если товар имеет серийники, принимаем решение, учета по количеству или по серийникам)

в) кто проверяет? (инвентаризация, полная или частичная)

2) Хранение товара

а) лица, имеющие доступ в помещение?

б) технические средства защиты (типа видеорегистратора с датчиком движения, бюджетно, но действенно).

в) кто проверяет? (инвентаризация, полная или частичная)

3) Выдача товара

а) кто имеет право создания документа на выдачу товара?

б) кто формирует заказ?

в) кто принимает сформированный заказ? (вопрос контроля пересортицы, вопрос упаковки, возможен ли будет доступ к товару после формирования и упаковки заказа)

г) документ, подтверждающий выдачу заказа?

е) контроль документооборота и товарных остатков?

Это минимум. Еще есть вопросы контроля оплаты заказа, но это уже чуть другая плоскость...